دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد فعالیت آموزشی خود را از سال ۱۳۶۵ با پذیرش دانشجو در رشته های پزشکی، پرستاری و مامایی آغاز نمود. در دانشکده پزشکی گروهی با عنوان " بهداشت" مشتمل بر اساتیدی در رشته های اپیدمیولوژی، بهداشت محیط، مدیریت خدمات بهداشتی درمانی و آموزش بهداشت به ارائه خدمات مرتبط مشغول خدمت بودند. در سال ۱۳۷۰ پذیرش اولین گروه از دانشجویان بهداشت در رشته کاردانی بهداشت محیط و سپس مبارزه با بیماریها و بهداشت خانواده در دانشکده پزشکی شهرکرد آغاز شد. با تصویب دانشکده بهداشت در دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در سال ۱۳۸۳ ، گروه بهداشت از دانشکده پزشکی جدا شده و به صورت مستقل دانشکده بهداشت فعالیت آموزشی خود را در قالب سه  گروه آموزشی اپیدمیولوژی و آمار زیستی،گروه بهداشت محیط و گروه بهداشت عمومی آغاز نمود.
 درسال ۱۳۸۳ دوره کارشناسی ناپیوسته مهندسی بهداشت محیط و درسال ۱۳۸۹ کارشناسی پیوسته مهندسی بهداشت محیط و کارشناسی ارشد مهندسی بهداشت محیط و کارشناسی پیوسته بهداشت عمومی و در سال ۱۳۹۰ کارشناسی ارشد آمار زیستی و در سال ۱۳۹۴ کارشناسی ارشد اپیدمیولوژی و در سال ۱۳۹۷ دکترای تخصصی مهندسی بهداشت محیط به دوره های تحصیلات تکمیلی دانشکده اضافه گردید. همچنین براساس مصوبه شورای گسترش آموزش پزشکی رشته کارشناسی بهداشت مدارس در سال ۱۴۰۱ راه اندازی گردید.  در سال 1403 نیز اولین دوره دانشجویان مقطع کارشناسی بهداشت حرفه ای در دانشکده پذیرش شد. توسعه کمی وکیفی آموزش و پژوهش در راستای اهداف عالیه آموزشی و پژوهشی دانشگاه از اهداف اصلی این دانشکده در آینده می باشد.